本館訂有「臺北市立美術館典藏庫房及藏品管理要點」,以為管理典藏品之依據,除以專業人員及專業方式提供良好的作品保存環境外,更透過準確登錄建檔及資料數位化整理,提供網路資料庫服務,俾利館內外民眾自行上網瀏覽及快速查詢本館典藏作品。
本館現有十三類近6,000件經審議通過之作品,分別儲放於三間典藏庫房內(概分為國畫、西畫、雕塑等庫房);庫房內維持24小時恆溫恆濕環境(溫度20°C±2°C,相對溼度50%±3%每日以ST-400電子式記錄器記載溫溼度之變化。安全維護部分有紅外線偵測器,監視系統及24小時駐警。照明使用無紫外線的LED燈。入庫須事先申請(除典藏人員外),並作入出庫登記。作品提借須書面申請並經館長核可後,交由檢視人員登錄作品狀況,再由司庫人員自庫房取出交給取件人。每年進行盤點,盤點結果皆與財產帳目符合。。