館長 - 諮詢委員會 - 審議委員會
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副館長
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館務發展小組

研究組
因應業務，其下設有美術圖書室，對外提供藝術專業書籍閱覽服務
學術研究出版、館務發展政策擬訂、專案研究

展覽組
因應業務，其下設有美工設計室、攝影室、佈展小組
國內當代、現代藝術展覽策展、國際展覽引介交流
台北雙年展、威尼斯雙年展台灣館策劃、重要國際展覽專案計劃

教育推廣組
因應業務，其下設有義工隊、視聽室
美術教育推廣、夜間開放活動規劃執行、國際學術研討會策辦

典藏組
因應業務，其下設有作品維護室、典藏庫房
美術作品之徵集蒐藏、分類登記、整理考據、裱裝修護

總務組
因應業務，其下設有機電室、總機室、文書室、駐衛警察隊
行政文書、採購事務、出納保管、財產管理、管制考核、機電管理、警衛安全

人事室
人事管理事項辦理

政風室
政風事項辦理

會計室
歲計、會計及統計事項辦理

公關小組
公共關係事務推動、募款

資訊小組
資訊業務推動、網路溝通平台建置