本館成立後原隸屬臺北市政府教育局，1999年11月6日臺北市政府文化局成立後，改隸文化局。

本館組織依博物館功能，設有研究組、展覽組、典藏組、教育推廣組、總務組、會計室、人事室、政風室，共五個組三個室。另為應業務需要設立公關小組、資訊小組等任務編組。

在人員編制上，設館長一人統籌全館業務，副館長一人襄助館長處理館務；另有「諮詢委員會」及「美術品典藏審議委員會」提供業務發展之諮詢及參與典藏品之審議事項；「館務發展小組」則研發本館展覽、典藏、推廣之工作方向及館務發展之政策。

本館現有員額為職員70人、約僱6人、駐衛警26人、職工28人，合計130人。